Transport
Seit dem Beitritt zur EU im Jahre 1995 ist Österreich auch im Bereich des Gewässerschutzes an das EU-Rechtssystem angebunden. Die Wasser-Rahmenrichtlinie hat daher unmittelbare Auswirkungen auf den österreichischen Gewässerschutz. Ziel der Richtlinie ist das Erreichen eines „guten Zustandes“ der Gewässer und somit die Schaffung eines Kriteriums, das sich für Seen und Flüsse am ursprünglichen typspezifischen Zustand orientiert.
Grundwasser
Niederschlag nimmt je nach der Oberfläche, auf die er fällt, verschiedene Wege. Bei Starkregen fließt Wasser meistens oberirdisch ab. Ein ganz geringer Teil tritt tiefer in den Boden ein und bildet auf diesem Weg das Grundwasser. Dieser Vorgang wird als unterirdischer Kreislauf oder als unterirdischer Abfluss bezeichnet.
Flüsse
Von den 98 Milliarden m³ Niederschlag, die jährlich etwa in Österreich fallen, fließen rund 55 Milliarden m³ oberirdisch über Flüsse ins Meer ab. Die mittlere Höhe des oberirdischen Abflusses hängt stark von den lokalen klimatischen Bedingungen und dem Relief ab und variiert daher bundesweit enorm. Durch einen kontinuierlichen Ausbau des Kanalnetzes und der biologischen Abwasserreinigungsanlagen seit Beginn der 70er Jahre wurde die Belastung der Fließgewässer durch kommunale und betriebliche Abwässer stark reduziert. Dies schlug sich in einer wesentlichen Verbesserung der Wasserqualität der Flüsse nieder.
Flüsse sind von größter wasserwirtschaftlicher Bedeutung. Untersuchungen an großen Flüssen belegten, dass nur noch wenige dem natürlichen Flusstyp entsprechen. Systematische Eingriffe haben ihre gewässerspezifischen Charakteristika verändert. Diese Eingriffe waren durch wasserbauliche Maßnahmen zum Schutz der Bevölkerung vor Hochwasser und Lawinen notwendig beziehungsweise wurden durch die Nutzung der Wasserkraft verursacht. Die Nutzung der Wasserkraft ist ein wichtiges Thema für Österreich, da 65 Prozent des Stroms durch Wasserkraft erzeugt werden. Dabei zählen ökonomische Aspekte, aber auch Klimaschutzziele und eine nachhaltige Entwicklung des Landes. Aus diesem Grund wurde der Begriff der „ökologischen Funktionsfähigkeit" im Wasserrechtsgesetz und im Wasserbautenförderungsgesetz als Zeichen für einen ökosystembezogenen Gewässerschutz verankert.
Operative Basis für die Umsetzung der Wasser-Rahmenrichtlinie sind die Flusseinzugsgebiete. Für diese sind umfangreiche Erhebungen anzustellen und Bewirtschaftungspläne auszuarbeiten. Große Flüsse wie die Donau sind alle öffentlich. Das Eigentum an Flüssen ist in Österreich aber ziemlich schwer zu durchschauen. Das heimische Wasserrecht legt fest, dass private Gewässer, in die öffentliche Gewässer einmünden, automatisch zu einem öffentlichen Gewässer werden, obwohl das Bachbett privat bleibt!